Under milleniets första årtionde nåddes många milstolpar av de som stod på fel sida av lagen. Trojanska hästar var fortfarande ett effektivt sätt att angripa, men attacker från botnät och phishing blev nu alltmer populära metoder. Under 2000-talet formades den ökända Hacktivist-gruppen Anonymous.
Nu blev privatpersoner alltmer försiktiga med exempelvis e-post som innehöll bilagor från okända avsändare, men nu började hackarna i stället skicka till användare av sidor till banker eller myndigheter med klickbara länkar som gjorde att skadlig programvara installerades. Miljoner privatpersoner och företag föll för en ny våg av Ransomware-attacker.
2000-talets mest omtalade Distributed Denial-of-Service (DDoS) Attack utfördes av en 17-årig hacker som kallade sig för MafiaBoy. Han överflödade stora verksamheters servrar med trafik som förhindrade användare att komma åt deras tjänster. Företag som bland annat Yahoo!, Amazon, CNN, och eBay kunde räknas som Mafiaboys offer, totalt orsakade han runt 1,7 miljarder dollar i skada.